Националният център по обществено здраве и анализи е структура на националната система на здравеопазването и осъществява дейности по: опазване на общественото здраве, промоция на здравето и профилактика на болестите,  информационно осигуряване на управлението на здравеопазването.

В съответствие с основните си дейности по опазване и промоция на здравето, Центърът изследва здравния статус на населението и връзката му с факторите на средата и условията на живот; провежда епидемиологични проучвания и оценка на факторите на риска за хроничните незаразни болести; участва в разработването, координирането и изпълнението на национални програми и планове за действие, както и в международни изследователски програми, насочени към укрепване на общественото здраве /включително психично, репродуктивно и сексуално/; провежда интервенционни мероприятия, обучителни семинари и издава информационни и методични материали; извършва оценка на експозицията и здравния риск за населението от въздействието на биологични, химични и физични вредности в околната и работна среда, и в храни, като изготвя съответни препоръки; мониторира храненето и хранителния статус на населението и разработва ръководства за хранене на определени групи от населението.

Центърът ръководи, контролира, мониторира и координира информационната дейност в здравеопазването; разработва и унифицира медико-статистическа документация за здравния статус на населението и за ресурсите и дейността на лечебните заведения; разработва математически модели и прогнози за демографското и здравното състояние на населението; осигурява оперативна и годишна медико-статистическа и икономическа информация; осъществява дейности по развитие на единна здравно-информационна система и електронно здравеопазване; разработва и внедрява система за класификация на пациентите и технологии за отчет и заплащане; поддържа класификации, номенклатури, стандарти и методики; участва в осъществяването на статистическата дейност на държавата като сътрудничи с Националния статистически институт; поддържа, актуализира и публикува здравно-информационни стандарти; организира, координира и контролира дейности по развитие на електронното здравеопазване; разработва методики и модели за планиране и управление на ресурсите за лечебните заведения; разработва, внедрява и поддържа национални стандарти на кодиране в лечебните заведения и мониторира процеса на кодиране.

Мисията на Националния център по обществено здраве и анализи е да съчетава тези разнообразни дейности в интерес на по-доброто здраве на населението. Всички усилия на работещите в Центъра хабилитирани лица, експерти и технически персонал са насочени към прилагането на съвременните технологии в областта на общественото здравеопазване и заемането на водещо място в Националната здравна система.